Il sort en 1993 son premier long métrage Métisse, plutôt bien apprécié par la critique ce qui lui permet de devenir un nouveau réalisateur "à surveiller" . Et ce n'est qu'en 1995 que Mathieu se fait vraiment connaître, grâce à La Haine qui remporte la Palme de la mise en scène lors du 48ème festival de Cannes, le César du meilleur film et celui du meilleur montage. C'est alors que sa carrière décolle: la même année, il fait une brève apparition sur La Cité des Enfants Perdus de Jean Pierre Jeunet et Marc Caro. 

Il retrouve en 1996 Jacques Audiard sur le tournage d' Un héros très discret dans le rôle d'Albert Dehousse, un vrai faux résistant. Il passe aussi devant la camera mais cette fois-ci plus rapidement sous le nom de Clément dans Mon homme de Bertrand Blier. 

En 1997 il participe au financement de Bernie d'Albert Dupontel, et sort Assassin(s) , qui soulève un grand débat à Cannes et dans la presse. Mathieu Kassovitz choque et aime ça. Ce troisième long métrage est l'extrapolation du court métrage du même nom. Il joue aussi le petit rôle d'un braqueur dans Le Cinquième Élément de Luc Besson. 

En 1998, on le voit dans le film de Nicolas Boukrief (co-scénariste de La Haine et Assassin(s) ), Le Plaisir et ses petits tracas. Il a joue aussi dans le film de son père, Jakob Le Menteur , sortie à la fin de l'année 99. 

Il créé en 1999, avec Luc Besson et Jan Kounen, une société de production à Los Angeles, appelée 1B2K. Une belle initiative que malheureusement ne verra naitre aucun projets. C'est aussi durant cette année qu'Alain Goldman propose à Mathieu Kassovitz d'adapter le roman de Jean-Christophe Grangé, Les rivières pourpres.